In der ersten bekannten Chronik Eiderstedts ist eine Kapelle bei Oldenswort aus dem Jahr 1205 benannt, die dem heiligen Pankratius geweiht wurde, wie auch die später folgende Kirche.

Mit dem Bau des romanischen Kirchenschiffs wurde 1245 begonnen. Aus dieser Zeit stammt auch die Nordwand mit einem darüber liegenden Fries aus rheinischem Tuff. Im Jahr
1415 wurde St. Pankratius von Dithmarschern ausgeraubt und in Brand gesteckt, im Jahr darauf neu geweiht. Ende des 15. Jh. wurden Dachreiter und Turm mit gotischen Elementen erbaut. Marten von Achten erschuf 1592 den Gemäldeflügelaltar. Der Taufdeckel ist wahrscheinlich einer der ältesten Schleswig-Holsteins.

Als Bilderbuch der Renaissance bezeichnet der ehemalige Eiderstedter Probst Wulf den Kircheninnenraum. Zwischen 1595 und 1640 entstanden Portraitgemälde. Aufgrund ihrer
Größe und der nur noch teilweise erhaltenen prachtvollen Ausstattung wird die Kirche manchmal fälschlich als Dom bezeichnet.